[질문]
○ 이미 교부받은 수입세금계산서에 대하여 납세의무자를 수정할 수 있는지요?

[답변]
○ 수입세금계산서의 수입자는 부가가치세 매입세액 공제 또는 환급과 관련이 있는 매우 중요한 요소이며, 수입신고수리시 납세의무자가 확정되므로 수입신고 수리전까지 변경신청을 하여야 정정이 가능합니다.
○ 다만, 수입신고 수리 당시 타사 명의로 착오신고, 수리전에 사업자 내용변경․양수도․법인합병 등이 발생하였으나 당초 신고내용을 변경하지 않고 수리된 경우에 한하여 수입신고수리후에도 납세의무자 정정신청이 가능합니다.
○ 그러나, 수입신고 수리 후(부터 부가가치세 확정신고 이전) 납세자의 사정변경으로 사업자 내용 변경․양수도․법인합병 등이 발생한 경우에는 수정교부대상이 아니며, 이러한 경우 수입신고수리시의 납세의무자로 세무서에 매입세액공제를 신청하여야 합니다.
※ 세관장은 수입세금계산서를 교부한 후 다음 각 호 1에 해당하는 경우에는 수입세금계산서를 수정교부 합니다.
1. 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고하여 변경하는 경우
2. 법인합병으로 인한 납세의무의 승계로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
3. 수입물품이 「여신전문금융업법」에 따른 대여시설물품으로서 수입신고서의 납세의무자와 대여시설 이용자가 다른 경우
4. 그 밖에 1호 내지 3호에 준하는 정정사유가 있다고 세관장이 인정하는 경우

[관련법령]
수입세금계산서 교부에 관한 고시 제3조(수입세금계산서의 수정교부)
수입신고수리후납세의무자(수입세금계산서의수입자) 정정업무지침(심사정책47230-540, ’00. 5. 29) 첨부자료

[출처]
2017년 관세행정 상담사례집 1권