[질문]
○ 수정수입세금계산서는 어떤 경우에 발급이 제한되는지요?

[답변]
○ 부가가치세법 및 같은 법 시행령 개정(2013. 7. 26. 시행)으로 인하여 다음과 같은 경우에는 원칙적으로 수정수입세금계산서의 발급이 제한됩니다. (원칙적 발급제한 대상)
가. 세관장이 관세조사 등을 통해 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나,
나. 수입자가 다음 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고를 하는 경우
① 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위
② 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지 출장이나 확인업무에 착수하는 행위
③ 그 밖에 ① 또는 ②와 유사한 행위
○ 그렇지만, 위 ‘가, 나’의 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 정상 발급됩니다.(발급제한 예외)
가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약 에 따른 관세협력이사회나 관세법 에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
다. 수입자의 귀책사유 없이 관세법 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성․제출되었음이 확인된 경우
라. 수입자의 단순 착오로 확인된 경우
마. 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우
바.「관세법」제9조제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
사.「관세법」제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우
아.「관세법」제38조제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

[관련법령]
부가가치세법 제35조(수입세금계산서) 제2항
부가가치세법 시행령 제72조(수입세금계산서) 제3항, 제4항
수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(2017.2.7.)

[출처]
2017년 관세행정 상담사례집 1권